La zidovudina se absorbe pronto y alcanza la concentración plasmática máxima en 1 hora. Al igual que otros análogos nucleósidos, la semivida de eliminación del compuesto original (cerca de 1 hora) es bastante más breve que la del triptófano intracelular, que es de 3 a 4 horas. La ignorancia de este fenómeno dio lugar a que ocurrieran varias sobredosis graves al poco tiempo de su aprobación; la dosis recomendada fue de 250 mg cada 4 horas en 1987, mientras que ahora se utilizan sólo 300 mg cada 12 horas.
La zidovudina se somete a metabolimo hepático rápido de primer paso por medio de su conversión en 5´-glucuronizidovudina. Este paso reduce hasta el 64% la biodisponibilidad general. Los alimentos también reducen la rapidez de absorción, pero no modifican el área por debajo de la curva, y el medicamento puede administrarse independientemente de los alimentos.
La recuperación urinaria total de zidovudina y su metabolito glucurónido son 14% y 74%, respectivamente. El perfil farmacocinético de la zidovudina no se modifica durante el embarazo y la concentración del medicamento en el recién nacido es similar a la de la madre.
